Djelatnost Fonda za zaštitu okoliša FBiH čini prikupljanje i distribucija finansijskih sredstava za zaštitu okoliša na teritoriji Federacije Bosne i Hercegovine, a koristit će se naročito za sljedeće namjene:
- podršku u ostvarivanju zadataka koji proizilaze iz obaveza i odgovornosti prema međunarodnoj zajednici iz oblasti zaštite okoliša;
- suzbijanje štete po okoliš u slučaju kada se ne može primijeniti princip odgovornosti za izvršavanje štete određenom licu (zagađivač plaća);
- troškove sprečavanja ili otklanjanja štete po okoliš koja zahtijeva neposrednu intervenciju;
- potpora mjerama u cilju zaštite okoliša, naročito u oblasti razvoja i finansiranja informativnog sistema, obrazovanja i širenja informacija;
- unapređivanje razvoja ekonomske strukture koja je povoljna po okoliš;
- očuvanje zaštićenih prirodnih područja;
- unapređivanje ekološke svijesti javnosti i istraživanje okoliša;
- očuvanje, održivo korištenje, zaštita i unapređivanje stanja okoliša.